ZŠ Prameny má k dispozici prostory na ulici Tyršova 16 v Rousínově, Jedná se o budovu, která se nachází u cesty mezi kamínkovým dětským hřištěm a stadionem (ulice U Mlýna). Třetí patro s učebnami je krásné a bezpečné místo pro výuku dětí. Prostory školy jsou slunné, s pohodovou domáckou atmosférou. Na jejich vzhledu se postupně podíleli žáci, učitelé, rodiče a další partneři školy. Třídy poskytují dostatečné prostory pro samostatnou i skupinovou práci dětí. Jsou zařízeny výškově nastavitelným dětským nábytkem. Děti mají také dostatek místa pro odpočinek. Mohou využívat knihovnu s dětskou a naučnou literaturou v českém a anglickém jazyce, oblíbená je také keramická dílna. O přestávkách a v průběhu školní družiny tráví děti čas na přilehlém hřišti nebo na školní zahradě.
Prostory školy splňují bezpečnostní a hygienické normy dle platných předpisů. Před vchodem do budovy školy na ulici Tyršova je dostatek místa pro parkování. Autobusové nádraží je vzdáleno 10 minut chůze.
Ve školním roce 2024/25 využívá škola z důvodu rekonstrukce rousínovské budovy náhradní prostory ve Vyškově na ulici Palánek 374/ 1a.